Προβλήματα λειτουργίας αντιμετωπίζει το σύστημα ηλεκτρονικής συνταγογράφησης, το οποίο εφαρμόζεται 'πιλοτικά' από τις 18/10/10 στον Οργανισμό Ασφάλισης Ελεύθερων Επαγγελματιών (ΟΑΕΕ).
Σε έκτακτο δελτίο τύπου (22/10/10) ο οργανισμός ενημερώνει τους φαρμακοποιούς, ότι σύμφωνα με έκτακτη ενημέρωση της γενικής γραμματείας, για ένα εύλογο χρονικό διάστημα και μέχρι νεωτέρας οδηγίας θα γίνονται δεκτές από το ταμείο όλες οι χειρόγραφες συνταγές που εκτελούνται, καθώς και οι ηλεκτρονικές συνταγές που φθάνουν στο φαρμακείο, σαν να ήταν χειρόγραφες, στην περίπτωση αδυναμίας εκτέλεσης ηλεκτρονικά διότι το φάρμακο που έχει επιλεγεί δεν κυκλοφορεί στην αγορά και κυκλοφορεί το ίδιο σε άλλη συσκευασία και οι ταινίες γνησιότητας του ίδιου φαρμάκου άλλης συσκευασίας που δόθηκε θα πρέπει να επικολλάται στην ηλεκτρονική συνταγή του ιατρού.
Σημειώνεται ότι το πρόβλημα με την ηλεκτρονική συνταγογράφηση εντοπίζεται στην ανενημέρωτη λίστα των κυκλοφορούντων φαρμάκων στην Ελληνική αγορά καθώς παλαιότερα φάρμακα και συσκευασίες των ιδιοσκευασμάτων που έχουν αποσυρθεί, εμφανίζονται στην λίστα και όταν συνταγογραφηθούν δεν μπορούν να εκτελεστούν από το φαρμακείο λόγω του διαφορετικού τους γραμμωτού κώδικα.